Em relação aos débitos que são passíveis de parcelamento, porém não são apresentados no aplicativo, a orientação da RFB é de que o o contribuinte protocole pedido de revisão na unidade de sua jurisdição, dentro do prazo de adesão. Feito isso, a RFB analisará apenas se os débitos são de fato parceláveis e os incluirá no parcelamento, assim que possível.
Em relação à amortização da dívida pelos pagamentos efetuados até agosto de 2015, há orientação no manual disponível no sítio da RFB na Internet: http://idg.receita.fazenda.gov.br/orientacao/tributaria/pagamentos-e-parcelamentos/parcelamentos-especiais/pagamento-parcelamento-lei-no-12-996-2014-debitos-ate-31-12-2013-acesso-via-portal-e-cac-1/manual-de-negociacao-lei-12-996.pdf
1-) Na página 40 há informação de que o valor apresentado na tela da página 39 corresponde ao valor total da dívida sem considerar os pagamentos. Mas já alerta  que após a confirmação os valores recolhidos serão considerados par o cálculo de eventual saldo devedor.
2-) Na página 41 há informação de que o valor do saldo devedor será conhecido por meio da emissão do Darf  do saldo devedor da negociação. Nessa mesma página, se houver saldo devedor, há um parágrafo Atenção informando que há valores devedores. Na página 41, item 2, há informação clara de que esse valor devedor é apurado após o batimento com os pagamentos efetuados.
3-) Na página 75, há tela da  Confirmação da Negociação em que o último quadro é o demonstrativo da consolidação. A coluna destacada como 4 refere-se aos pagamentos utilizados para amortizar a dívida. Na página 76, há explicação dessa coluna, esclarecendo que se trata dos pagamentos efetuados limitado ao valor do saldo devedor (vencido até o mês anterior ao da negociação). Essa pagina somente está disponível durante a negociação. Por isso  na página 89 , item Fique atento, também tem a informação de que no demonstrativo de consolidação não são considerados os pagamentos efetuados, mas que para saber o saldo devedor, considerando-se esses pagamentos deve-se emitir o Darf para pagamento do Saldo da Negociação.
Considerando-se a reclamação de que o sistema apresenta saldo devedor indevidamente é preciso considerar as seguintes premissas:
1-) Todos os pagamentos efetuados desde o mês posterior ao da adesão são atualizados para a data de consolidação, retirando-se dos valores arrecadados o valor correspondente a Selic do período. Então, o valor apresentado pelo sistema na tela de Confirmação da Negociação não será igual ao somatório de todos os Darf arrecadados. A única possibilidade desses dois valores serem   iguais é  se se tratar de modalidade de pagamento à vista e todos os pagamentos tiverem sido feitos no mês de opção.
2-) Há critérios de utilização dos pagamentos efetuados em valor maior que a prestação do mês.
* Se em determinado mês há pagamentos em valor superior à prestação daquele mês, essa sobra é utilizada para amortizar as prestações com data de vencimento menores que a data de arrecadação dos pagamentos, ou seja, amortiza as parcelas que já estavam devedoras no mês do pagamento a maior.
* Se não houver parcelas devedoras com data de vencimento menor que a data de arrecadação dos pagamentos, ou se os pagamentos forem ainda superiores a essas parcelas, o valor excedente será apropriados às parcelas vincendas em ordem decrescente de vencimento, ou seja, da última para a primeira.
Então, por esse critério, se o pagamento maior que o valor da prestação foi feito no mês da primeira parcela, esse excedente está alocado nas parcelas vincendas em ordem decrescente de vencimento. Se o pagamento a maior coincide com o mês de vencimento da terceira parcela, poderá regularizar eventual inadimplência da 1ª ou 2ª parcela apenas, antes de ser apropriado às ultimas. E assim sucessivamente.
Fonte: Receita Federal do Brasil